ภักดี รับราชการกระทรวงสาธารณสุข เคยดำรงตำแหน่ง ผู้ตรวจราชการกระทรวงสาธารณสุข เลขาธิการคณะกรรมการอาหารและยา รองปลัดกระทรวงสาธารณสุข อธิบดีกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ อธิบดีกรมอนามัย

ตำแหน่งสุดท้ายคือ เลขาธิการคณะกรรมการอาหารและยา สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา กระทรวงสาธารณสุข ตั้งแต่ เดือนตุลาคม 2547 ก่อนหน้านี้ภักดีลงสมัครคัดเลือก เป็น ป.ป.ช. และคาดหวังว่าจะได้รับการคัดเลือกจากที่ประชุมวุฒิสภา ก่อนจะได้รับการแต่งตั้งตามประกาศคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ฉบับที่ 19 ลงวันที่ 22 กันยายน 2549[5]